By statki o długości do 100 m, szerokości do 20 m i zanurzeniu do 4,5 metra mogły dotrzeć przez przekop Mierzei do Elbląga, konieczne jest pogłębienie toru wodnego na całej jego długości. Docelowe parametry są już osiągnięte na torze na Zalewie Wiślanym, do stycznia 2027 roku ma zakończyć się pogłębianie 7,5-kilometrowego odcinka rzeki Elbląg (realizuje je za 51 mln zł konsorcjum firm Hegemann i Van Den Herik Kust-En Oeverwerken). Do pogłębienia pozostanie 3-kilometrowy odcinek do terminala przy ul. Radomskiej, gdzie nie będzie wybetonowanych nabrzeży jak w pozostałej części rzeki.
Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Olsztynie wydał w ostatnich dniach decyzję o środowiskowych uwarunkowaniach, jakie należy spełnić, by dokończyć pogłębianie rzeki. To niezbędny dokument, by Urząd Morski mógł ubiegać się o pozwolenie na budowę i następnie ogłosić przetarg.
„Inwestor musi przede wszystkim ograniczyć wpływ prac czerpalnych w korycie rzeki na ryby i w związku z tym uwzględnić okres migracji zstępującej węgorza oraz okres tarła ciosy. Prace związane z usuwaniem drzew i trzciny powinny odbywać się poza sezonem lęgowym ptaków – informuje Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Olsztynie. - Urobek niezanieczyszczony, powstały w wyniku prac czerpalnych, powinien być transportowany za pomocą barek lub szaland i powtórnie wykorzystany, np. do nadbudowy sztucznej wyspy na Zalewie Wiślanym. Z kolei urobek zanieczyszczony wymaga szczególnego postępowania ze względu na potencjalne zagrożenie dla środowiska - powinien być transportowany na nabrzeże portowe, a następnie przekazany do dalszej utylizacji lub unieszkodliwienia.
Tor wodny po pogłębieniu będzie miał 36 m szerokości w dnie i 5 m głębokości. Jego częścią będzie obrotnica dla statków na wysokości rozwidlenia rzeki Elbląg i Kanału Jagiellońskiego. W tym miejscu akwen ma mieć 160 m szerokości, by umożliwić statkom bezpieczny zawrócenie.
Urząd Morski zapewnia, że cały tor wodny będzie gotowy w 2027 roku.
