Remont ma dotyczyć nie tylko zachowanych do dzisiaj pozostałości zewnętrznych murów przy Galerii EL (zabezpieczonych drewnianymi stemplami od strony ul. Wodnej), ale także murów byłej świątyni, m.in. kruchty wejściowej, krużganka, prezbiterium, pomieszczeń biurowych i archiwum oraz pomieszczenia sanitarnego na parterze. Części dla zwiedzających mają być dostosowane do potrzeb osób z niepełnosprawnościami, pojawią się m.in. poręcze, oraz podnośnik, a także oznaczenia przyjazne dla osób niewidomych i słabowidzących.
Przy okazji remontu murów ma odbyć się również konserwacja epitafiów i płyt nagrobnych w krużganku,m.in. Hansa Grosa z 1600 r., Bartłomieja Meienreisa i Jana Slocumbe z Londynu oraz ich małżonek (1621 r.), epitafium Martina Michaela z 1623 r. płyty pamiątkowej inskrypcyjnej, ufundowanejw 1647 r. przez patrycjusza elbląskiego Izaaka Spiringa ku czci króla polskiego Władysława IV oraz dla upamiętnienia fundatora i jego rodzin czy epitafium Izaaka Spiringa z 1647 r i kilku innych.
W budżecie miasta na prace zaplanowano 3,5 mln złotych, większość tej kwoty to dofinansowanie z Rządowego Programu Odbudowy Zabytków. Ile będą ostatecznie kosztować prace, dowiemy się z wyników przetargu, który właśnie ogłosiły władze miasta. Czekają na oferty zainteresowanych firm do 27 marca. Zwycięzca przetargu będzie miał 5 miesięcy na przygotowanie dokumentacji od dnia podpisania umowy, a na wykonanie prace - 16 miesięcy.
