W rejonie Sztutowa znaleziono szczątki ceramiki świadczącej o osadnictwie w okresie neolitu (młodsza epoka kamienia, epoka kamienia gładzonego, występująca na terenie Polski ok. 4500 lat p.n.e.). W okresie wczesnego średniowiecza (koniec V do końca X w.) rejon ten należał do książąt wschodniopomorskich. W pobliżu zaś na Mierzei Wiślanej przebiegała granica z pruskim plemieniem Warmów.
W 1248 r. w wyniku zawartego układu z księciem Świętopełkiem teren ten wszedł w posiadanie Krzyżaków. 18 maja 1282 r. w Miliczu pod naciskiem legata papieskiego Filipa z Fermo książę Mściwój II został zmuszony do przekazania rejonu Sztutowa. Ostatnią władczynią, przed przejęciem tego rejonu przez zakon krzyżacki, była księżna Salomea Kujawska córka Sambora II z Tczewa. Na niej to Krzyżacy wymusili zrzeczenie się praw do posiadanych dóbr, wypłacając jej odszkodowanie w wysokości 1000 grzywien.
Tereny te wówczas były w znacznej mierze zalane wodą i nazywano je Zalewem Szkarpawskim (aqua Scarpena). Jego osuszenie i zagospodarowanie nastąpiło dopiero w XVIII w.
Kościół baptystów
Po II pokoju toruńskim w 1466 r. miejscowość znalazła się na ternie Prus Królewskich, a więc pod zwierzchnictwem polskim i tak było do 1772 r., kiedy to w wyniku I rozbioru Polski przeszła pod panowanie pruskie. W tym okresie odnotowywano na Mierzei wypady wojsk Prus Książęcych, których to żołnierze porywali rekrutów. Nieudany wypad odparty przez mieszkańców Sztutowa odnotowano np. w 1739 r.
Do 1432 r. w Sztutowie istniała stadnina koni i zarząd rybacki, prowadzono rabunkowy odłów ryb głównie jesiotrów dla pozyskania ikry, a także odłów zwierzyny leśnej i wyręb lasu. W XIV w. powstał tu dwór (między Sztutowem a Stegną), zniszczony został w czasie wojny 13-letniej i już nigdy nie został odbudowany. W 1432 r. powstała tu karczma, a wokół niej odrębna wieś o tej samej nazwie.
Dawny znak graniczny pomiędzy Wolnym Miastem Gdańsk a III Rzeszą (fot. autor)
Po 1466 r. majątek, wieś wraz z mierzeją stały się własnością Gdańska. Później miasto oddawało go w dzierżawę patrycjuszom gdańskim. Bywali tu m.in. jako dziecko Artur Schopenhauer (filozof), car Rosji Piotr Wielki. W czasie wojen i okupacji w tym rejonie często zdarzały się rabunki.
W latach 60-tych XVIII w. w Sztutowie baptyści wznieśli swój kościół, którego budynek istnieje do dziś, nieliczni katolicy korzystali z kościoła w pobliskim Cyganku.
Miejscowość uzyskała połączenie drogą bitą w 1881 r., miała też połączenie wąskotorowe z Nowym Dworem Gdańskim.
W 1924 r. majątek Sztutowo podporządkowano gminie o tej samej nazwie.
Granica z III Rzeszą
W latach 1920-1939 Sztutowo należało do Wolnego Miasta Gdańska, a w pobliskim Przebrnie przebiegała granica z III Rzeszą. Urzędowali tu polscy celnicy, którzy doznawali wielu prowokacji ze strony Niemców. 31 sierpnia 1939 r. celnikom udało się niespostrzeżenie opuścić placówkę na polecenie polskich władz.
2 września 1939 r w Sztutowie powstał obóz, najpierw karny później koncentracyjny, ale o jego losach napiszę w odrębnym artykule.
W 1945 r. Armia Czerwona nie spieszyła się z zajęciem Mierzei i rejon ten został zajęty dopiero 9 maja. W czasach PRL w Sztutowie działał ośrodek dyspozycyjny wielozakładowego PGR, powstały też liczne wczasowe ośrodki zakładowe, z których wiele istnieje do dzisiaj.
